Pijpers studeerde diergeneeskunde aan de Universiteit Utrecht, waar hij in 1990 promoveerde. In 1991 werd Pijpers universitair hoofddocent bij de vakgroep Bedrijfsdiergeneeskunde en Voortplanting. In 1993 werd hij benoemd tot hoogleraar Veterinaire Apotheek en in 1996 tot hoogleraar Pluimveegezondheidszorg. Vanaf 2000 tot zijn aanstelling als decaan is Pijpers directeur van de Gezondheidsdienst voor Dieren te Deventer. Daarnaast is hij sinds juni 2008 opnieuw aan de Universiteit Utrecht verbonden als deeltijdhoogleraar Monitoring Diergezondheid.

Naast deze universitaire aanstellingen bekleedde Pijpers verschillende nevenfuncties, waaronder lid van het Algemeen Bestuur van de Koninklijke Nederlandse Maatschappij voor Diergeneeskunde, voorzitter van het Post Academisch Onderwijs Diergeneeskunde en recentelijk vice-voorzitter van de Raad voor Dierenaangelegenheden.