Philipse studeerde rechten en wijsbegeerte aan de Rijksuniversiteit Leiden. Ook studeerde hij filosofie te Oxford, Parijs en Keulen en werkte aan de Universiteit Leuven. Philipse heeft meerdere boeken geschreven, waaronder het Atheïstisch manifest(1995), de kritische Heideggerstudie Heidegger's Philosophy of Being(1999) en God in the Age of Science? A Critique of Religious Reason(2014). In 2009 verschenen zijn Filosofische polemieken (Bert Bakker).

Naast zijn werkzaamheden aan de Universiteit Utrecht geeft Philipse zo'n 50 gastcolleges per jaar, zo heeft hij gedoceerd aan de Peking University (2012) en de Universiteit van Melbourne (2014), maar is hij ook vaak bij Studium Generale te gast.