Ongeveer één keer per jaar mochten niet alleen chirurgijns en doctoren, maar ook andere mensen de snijzaal in om de openbare anatomieles bij te wonen. De sectie werd meestal verricht op een subjectum anatomicum,een ter dood veroordeelde. Dit waren bij voorkeur misdadigers van buiten de stad, zodat het lichaam voor het publiek anoniem bleef.
De praelector anatomiae, de universitaire arts, begon bij de organen in de buikholte en eindigde bij het hoofd. Bij de obductie werden stuk voor stuk de organen uit het lichaam gehaald, benoemd en in een bak gelegd. De organen die het snelst zouden verrotten nam de praelector het eerst weg. Het hoogtepunt was de ontleding van het brein. Deze ontleding is goed te zien in de anatomieles van Dr. Deijman uit 1656, geschilderd door Rembrandt van Rijn. Dick Swaab sprak tijdens een aflevering van zomergasten over dit schilderij. Swaab gaf eerder bij Studium Generale een lezing over De tijd in het brein.
De bekendste anatomieles op doek is die van dokter Nicolaes Tulp uit 1632. In 2006 hebben artsen van het Universitair Medisch Centrum Groningen onderzocht of Rembrandt de anatomie wel correct heeft weergegeven. Hun conclusie was dat de afbeelding niet helemaal klopt. Zo heeft Rembrandt enkele spieren verborgen om andere beter zichtbaar te maken. Daarnaast is de spier van de ringvinger-middelvinger verwisseld met die van de wijsvinger-pink. Desalniettemin geeft het werk een goede weergave van de medische praktijken van die tijd. Het werk illustreert goed hoe kunstenaars betrokken werden bij het werk van artsen.
Een interessant boek op het snijpunt van geneeskunde en kunst is De kunstenaar en de dokter. Hierin stelt Jan Dequeker, emeritus hoogleraar Reumatologie aan de Katholieke Universiteit Leuven, diagnoses aan de hand van sleutelwerken uit de kunstgeschiedenis. Zo stierf volgens hem de Venus van Botticelli aan tubercoluse en had Mona Lisa wellicht last van een stofwisselingsziekte.
In totaal zijn er tussen 1603 en 1773 veertien anatomielessen gemaakt. Negen hiervan in Amsterdam, de rest in Delft.
