Halffman onderzoekt hoe wetenschap en technologie met de samenleving zijn verweven. Zijn specialiteit is de studie van de samenwerking tussen wetenschap en beleid, zoals in beleidsadvisering door deskundigen, het gebruik en de ontwikkeling van expertise, risico-beoordeling en standaardisering daarvan, en onzekerheid. Hij is specifiek geïnteresseerd in hoe kennis wordt gevalideerd tot (in)accuraat of (in)correct aan de randen van de traditionele wetenschappelijke instituties, zoals in beleidsadvisering of in relatie tot amateurwetenschap. Hij houdt zich bijvoorbeeld bezig met vragen als: Hoe bepalen deskundigen of we voldoende zekerheid hebben om een chemische stof te bestempelen als gevaar voor het milieu?

Halffman is momenteel co-autheur van een handboek over milieu-expertise voor Cambridge UP, gebaseerd op onderzoek van de afgelopen decennia over het verband tussen wetenschap en beleid. Hiernaast is Halffman lid van het Centre for Science, Knowledge and Policy (SKAPE) aan de Universiteit van Edinburgh.

Halffman is lid van de Hervormingsbeweging voor Nederlandse Universiteiten (H.NU), die pleit voor meer openbare, democratische en redelijke universiteiten. Ook schreef hij mee aan de oproep tot actie van deze beweging, het Academisch Manifest.