Van der Meer is professor in de politicologie en maakt onderdeel uit van de Programmagroep Challenges to Democratic Representation. Hij houdt zich voornamelijk bezig met politiek vertrouwen, (de ontwikkeling van) partijsystemen en etnische diversiteit in combinatie met sociale cohesie en sociaal kapitaal. Ook onderzoekt en doceert hij wetenschapsmethoden aan de Universiteit van Amsterdam.

In maart 2024 kwam zijn boek Waardenloze politiek. Hoe de Nederlandse politiek de kunst van het conflict verloor uit. Hij stelt daarin dat de middenpartijen de afgelopen decennia te weinig het inhoudelijke politieke conflict zijn aangegaan. Zo werden beslissingen over stikstofbeleid, gasboringen en coronamaaregelen neergezet als 'onvermijdelijke oplossingen' in plaats van als politieke keuze. Die alternatiefloze politiek was volgens Van der Meer de voedingsbodem voor het succes van BBB, NSC en PVV in 2023.

Op dit moment is Van der Meer betrokken bij twee NWO onderzoeksprojecten, namelijk over de gevolgen van politiek vertrouwen sinds 2016 (NWO Vidi-beurs) en over legitimiteit en de beweeglijkheid van politiek sinds 2014 (NWO TOP-beurs)

Naast zijn werkzaamheden als onderzoeker en hoogleraar van der Meer medeoprichter van het politiekwetenschappelijke blog StukRoodVlees, dat politieke kwesties kritisch beschouwt vanuit de politicologie.