Na een zesjarig dienstverband als dierenarts-onderzoeker in Diergaarde Blijdorp te Rotterdam werd hij in 1984 buitengewoon hoogleraar Bedrijfspluimvee-geneeskunde aan de Faculteit Diergeneeskunde te Utrecht en coördinator pluimveepraktijk-onderzoek aan de Stichting Gezondheidszorg voor Dieren in Nederland en voor de Stichting Gezondheidszorg voor Pluimvee te Doorn. Van april 1990 tot augustus 2003 was Frankenhuis directeur van het Koninklijk Zoölogisch Genootschap 'Natura Artis Magistra' te Amsterdam.

Frankenhuis studeerde Diergeneeskunde en Frankenhuis promoveerde op de 'autofertilisatie bij de kip'. In 1978 rondde hij een driejarig onderzoek af naar stoornissen van de vruchtbaarheid bij het cryptorche individu (wanneer testikels niet goed afdalen tot in het scrotum en de balletjes in de buik of in het lieskanaal blijven steken), bij zowel dier als mens.

Sinds zijn pensionering op 61-jarige leeftijd houdt hij zich bezig met studie, veldwerk, schrijven en het leiden van natuurreizen naar Zuid- en Oost-Afrika en Midden- en Zuid-Amerika. Frankenhuis houdt tientallen lezingen en anderssoortige presentaties per jaar en vervult adviseurschappen bij Zodiac Zoos, Jerusalem Zoo en de ijsfabrikant Ben&Jerry's, ondernemingen die alle dierenwelzijn, behoud van biodiversiteit en natuur en milieu hoog in het vaandel hebben staan.

Frankenhuis is auteur van o.a. 'Huisdierrassen in Nederland: Heden en Verleden', 'Variaties in Artis: over Paren en Baren en Mensen en Dieren', 'Terug naar Afrika – het grote safariboek', het kinderboekje 'Drinken Vissen Water?', mede-auteur van 'Wandelen door Artis', en schrijver van ruim 250 wetenschappelijke en populair wetenschappelijke artikelen en hoofdstukken in boeken.