Naast zijn aanstelling bij de Universiteit van Amsterdam is Van Dongen verbonden aan het Instituut voor Geschiedenis en Grondslagen van de Natuurwetenschap en het Descartes Centrum van de Universiteit Utrecht. Ook is hij redacteur van de verzamelde werken van Albert Einstein op het California Institute of Technology te Pasadena.

Van Dongen studeerde theoretische fysica aan de Universiteit van Amsterdam en promoveerde aan diezelfde universiteit in 2002 in de geschiedenis van de fysica. In zijn onderzoek bestudeert hij voornamelijk de geschiedenis van de twintigste-eeuwse fysica. Recent verscheen zijn boek Einstein's Unification (Cambridge UP, 2010).