In zijn onderzoek gebruikt hij modellen om te begrijpen hoe verschillende ecologische en evolutionaire processen leiden tot veranderingen in de populatie van vogels en andere organismen. Zo werkt Jongejans mee aan een project om insectenpopulaties in een Duits natuurgebied in kaart te brengen. Waarom staan deze insectenpopulaties onder druk en wat zijn de effecten op het ecosysteem als de insecten verdwijnen? Op dit soort vragen probeert Jongejans het antwoord te vinden. Die kennis vormt een fundament voor beleid ter bescherming van de biodiversiteit.