Finkenauer doet onderzoek naar relaties. Ze richt zich hierbij op de interpersoonlijke dynamiek en onderzoekt hoe relatiepartners elkaar beïnvloeden. Het gaat hierbij niet alleen om romantische relaties, maar ook om ouder-kindrelaties en vriendschappen. Hoe brengen mensen in relaties het beste en het slechtste in elkaar naar boven? Ze probeert hierbij manieren te vinden om harmonieuze relaties te bevorderen en misverstanden en conflicten te voorkomen.

Daarnaast is Finkenauer programmadirecteur binnen het onderzoeksthema Dynamics of Youth van de Universiteit Utrecht.