Klukhuhn studeerde fysische chemie te Amsterdam. Na zijn promotie op infrarood-spectrofotometrisch onderzoek aan ferro-elektrische kristallen, vertrok hij in 1973 naar Studium Generale in Utrecht. Reden om zijn vakgebied vaarwel te zeggen was dat hij voor verder onderzoek aangewezen zou zijn op sponsoring van de NAVO, hetgeen hem tegen de borst stuitte.

Naast zijn wetenschappelijke activiteiten werkte André Klukhuhn voor de VPRO-radio (het programma God zij met ons), is hij schrijver van columns en essays (tussen 1991 en 1993 voor HP/De Tijd) en was hij redacteur van literair tijdschrift Maatstaf.

In 2003 verscheen van zijn hand 'De geschiedenis van het denken'. Dit boek geeft een overzicht van pogingen die de mens in de loop van de geschiedenis heeft ondernomen om greep te krijgen op zijn omgeving. Talloze aspecten komen aan de orde: van de cultuur in de Griekse, Romeinse en Arabische Oudheid tot aan de moraal van de medische wetenschap; van de ontdekking van de wiskunde tot aan kunstmatige intelligentie; van het fin de siècle tot aan het fin de millénaire. Het boek kan gezien worden als een neerslag van de ruim dertig jaar die Klukhuhn werkzaam was voor Studium Generale.

In januari 2008 verscheen 'Alle mensen heten Janus', een 'filosofisch essay'. In dit werk behandelt Klukhuhn aan de hand van de westerse ideeëngeschiedenis de subject-objectscheiding: het fenomeen dat de menselijke geest zowel subjectieve als objectieve 'kenwijzen' heeft. De titel gebruikt de tweehoofdige Romeinse god Janus als symbool voor deze scheiding.