Hij studeerde geschiedenis aan de University of Cambridge. Daarna was hij als onderzoeksstudent verbonden aan de University of Oxford en El Colegio de Mexico in Mexico en hij promoveerde in 1972 aan Oxford University op de zeventiende-eeuwse Mexicaanse geschiedenis. In datzelfde jaar verhuisde hij naar de University of Hull waar hij docent werd in vroegmoderne Europese geschiedenis. Van 1974 tot en met 1981 was hij als docent in datzelfde vakgebied verbonden aan University College Londen, waar hij vanaf 1984 hoogleraar was in de Nederlandse Geschiedenis en Haar Instituties.

In zijn onderzoek is prof. dr. Jonathan Israel voornamelijk geïnteresseerd in de verlichting en de verspreiding ervan. Hij schreef meerdere boeken over dat onderwerp, waaronder Radical Enlightenment: Philosophy and the Making of Modernity, 1650-1750 en Democratic Enlightenment: Philosophy, Revolution, and Human Rights. In zijn visie hebben het Nederland van de zeventiende eeuw en de filosoof Baruch de Spinoza een essentiële rol gespeeld bij de verspreiding van de verlichtingsidealen.