Bakker doet onderzoek naar de rol van sociale media in het publieke debat. Hij onderzoekt daarbij zowel hoe het publieke debat vorm krijgt op online platforms, maar ook hoe deze platforms interacties tussen gebruikers beïnvloeden. Dat doet hij door middel van verschillende onderzoeksmethoden, zoals netwerkanalyse en computationele tekstanalyse. Eerder deed hij onderzoek naar online protestculturen, radicalisering en complotdenken.