Hekma's specialisatie is de sociologie en geschiedenis van (homo)seksualiteit. Hij deed onder andere onderzoek naar de acceptatie van homoseksualiteit in Nederland, naar de geschiedenis van mannelijke homoseksualititeit en de Nederlandse sexuele revolutie in de jaren zestig en zeventig. Daarnaast bestudeerde hij het leven en werk van de Nederlandse dichter Jacob Israel de Haan. Hij publiceerde onder meer 'Homoseksualiteit, een medische reputatie' (1987) en 'Goed verkeerd' (1989), en redigeerde 'The Pursuit of Sodomy' (1989), 'De roze rand van donker Amsterdam' (1992) en 'Sexual Cultures in Europe' (1999).