Runhaar zet zich in voor effectievere strategieën om de natuur en biodiversiteit te beschermen en houdt zich in zijn onderzoek bezig met de gevolgen van interventies die de overheid, bedrijven en NGOs hiervoor doen. Hij heeft daarbij een speciale interesse in de landbouwsector en adviseert het parlement over het stikstofbeleid dat zij voeren. Verder draagt Runhaar bij aan het debat rondom biodiversiteitsbeleid, door te pleiten voor de transitie naar een meer natuurinclusieve landbouw.

In 2021 deed Runhaar samen met dr. Wim de Haas (WUR) in opdracht van de Tweede Kamer onderzoek naar de effectiviteit van de opkoopregeling, die het doel had de stikstofuitstoot in Nederland terug te dringen door boeren uit te kopen.