Van Ommen heeft 29 jaar gewerkt bij het departement Humane Genetica van het Universitair Medisch Centrum Leiden, de laatste 10 jaar als hoofd van het departement. Vanaf 2012 was hij met emiritaat. Van Ommen was oprichter van het toonaangevende Leiden Genome Technology Centre en tevens directeur van het Biobanking and Biomolecular Research Infrastructure in Nederland (BBMRI-NL), het samenwerkingsverband tussen biobanken in Nederland. Hij had biochemie gestudeerd aan de Universiteit van Amsterdam en promoveerde in de moleculaire biologie.

In april 2010 werd Van Ommen geridderd voor zijn bijdrage aan de ontcijfering van het humane genoom en de ontwikkeling van een therapie voor de ziekte Duchenne (spierdystrofie). Bovendien heeft Van Ommen bijgedragen aan bredere publiciteit rond genetica en de ethische discussie daarover.

Van Ommen overleed in de herfst van 2020.