De Jong’s wetenschappelijke interesses zijn gericht op de ontwikkelingen binnen de strafrechtsdogmatiek. Zo doet hij onderzoek naar concepten zoals gezag, legitimiteit en de betekenis van (wils)vrijheid en verantwoordelijkheid binnen het strafrecht.  

Sinds 2014 werkt de Jong als hoogleraar straf- en strafprocesrecht aan het Willem Pompe Instituut voor Strafrechtswetenschappen (WPI). Dit is de afdeling Strafrecht van de faculteit Recht, Economie, Bestuur en Organisatie van de Universiteit Utrecht. Momenteel is hij bovendien werkzaam als voorzitter van het WPI. 

Verder is de Jong verbonden aan het onderzoeksprogramma Utrecht Centre for Accountability and Liability Law (UCALL). Deze groep bestaat uit wetenschappelijke onderzoekers binnen het Departement Rechtsgeleerdheid van de Universiteit Utrecht, die multidisciplinair onderzoek verrichten naar de grenzen van juridische aansprakelijkheid en verantwoordelijkheid in Nederland, in Europa en daarbuiten. 

Daarnaast is de Jong sinds 2017 actief als raadsheer-plaatsvervanger aan het Gerechtshof Den Haag en is hij redactielid van de wetenschappelijke strafrechtstijdschriften Delikt en Delinkwent en Platform Modernisering Strafvordering.