Munnichs promoveerde in 2000 aan de Faculteit der Wijsbegeerte van de Rijksuniversiteit Groningen op het proefschrift 'Publiek ongenoegen en politieke geloofwaardigheid. Democratische legitimiteit in een ontzuilde samenleving'. Munnichs was vervolgens als postdoc verbonden aan de leerstoelgroep Toegepaste Filosofie en medewerker Studium Generale, beide bij Wageningen Universiteit. Sinds 2002 is Munnichs werkzaam bij het Rathenau Instituut. Hij geeft leiding aan het project Screening Society, dat de gevolgen onderzoekt voor de privacy van de strijd tegen misdaad en terreur.