Van Hees is sinds 2013 lid van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen en daar momenteel voorzitter van het domein Geesteswetenschappen. In zijn onderzoek richt hij zich op morele en politieke waarden, bijvoorbeeld op het belang van vrijheid tijdens collectieve besluitvormingsprocessen. Met name casussen waar ofwel niemand of juist veel mensen moreel verantwoordelijk zijn voor een bepaalde uitkomst, spelen een grote rol in zijn onderzoek. In eerdere publicaties focuste Van Hees zich op de relatie tussen sociale verantwoordelijkheid en individuele vrijheid.

Als hoogleraar aan de Vrije Universiteit Amsterdam, nam Van Hees het initiatief om het John Stuart Mill College op te richten. Dit internationale onderwijsprogramma voor de bachelor Filosofie, Politiek en Economie, was de eerste van zijn soort in Nederland.