Bakker publiceerde in 2018 het boek Transgender in Nederland, waarin voor het eerst de geschiedenis van transgenders in Nederland beschreven wordt. Hij onderzocht medische behandelingen, maatschappelijke discussies en de veranderende publieke opinie. In 2014 publiceerde hij Mijn valse verleden, een autobiografisch verhaal van een man geboren als meisje. Momenteel werkt hij aan verdiepend onderzoek naar de transgendergeschiedenis van Nederland in de jaren vijftig en zestig.

Bakker werkt als researcher voor documentaires, o.a. de internationaal bekroonde films Transit Havana (2016) over transgenders op Cuba en I am a woman now (2011), over transseksuele vrouwen in de jaren vijftig en zestig. Hiernaast is hij actief als samensteller van verschillende tentoonstellingen.