Na haar studies Beleid en Management Gezondheidszorg en Politicologie aan de Erasmus Universiteit Rotterdam promoveerde Stronks in 1997 aan dezelfde universiteit. Haar proefschrift ging over de vraag hoe het kan dat mensen uit de lagere sociaaleconomische klassen ongezonder zijn dan die uit hogere. Haar huidige onderzoek richt zich op de invloed van maatschappelijke factoren als sociaal-economische status en etnische herkomst op gezondheid, en op strategieën om de gezondheid van mensen in lagere sociaal-economische groepen en etnische minderheidsgroepen te verbeteren. In haar oratie in 2006 pleitte Karien Stronks voor meer aandacht voor de fundamentele oorzaken van ongezondheid in de samenleving: ongeletterdheid, armoede en migratieprocessen, als aangrijpingspunt om gezondheidsproblemen te voorkomen en gezondheidsverschillen te verkleinen.