Haar onderzoek richt zich op botsende waardes en belangen rondom het gebruik van natuurlijke hulpbronnen in Latijns Amerika. Zij bestudeert de interacties tussen publieke sector, private sector en sociale bewegingen vanuit het perspectief van de internationale politieke economie.

Hogenboom onderzoekt actuele ontwikkelingen in Latijns-Amerika in verschillende internationale projecten. Ook coördineert zij het project LFFU ‘Leave fossil fuels underground for sustainable and inclusive development: Co-creating alternative pathways in Africa and Latin America’. Dit project richt zich op lokale initiatieven om fossiele brandstoffen ondergronds te laten ten behoeve van duurzame ontwikkeling.

Tevens is Hogenboom directeur van CEDLA, het Centrum voor Studie en Documentatie van Latijns-Amerika van de Universiteit van Amsterdam. Ook publiceerde ze naast artikelen en hoofdstukken negen boeken en zeven special issues, waaronder ‘Environmental Governance in Latin America’ (2016) met Fabio de Castro en Michiel Baud.