Knigge doet onderzoek naar sociale ongelijkheid en de complexe wisselwerking tussen genen, thuissituatie en instituties. Hoe heeft de inrichting van onze instituties, waaronder scholen, invloed op de kansenongelijkheid? Maakt het bijvoorbeeld uit of kinderen eerst het advies van de leerkracht krijgen en dan pas de citotoets te maken of dat dit andersom gebeurt? En kan een goede school de kansenongelijkheid verkleinen?

In 2015 promoveerde Knigge cum laude op zijn proefschrift getiteld “Sources of Sibling Similarity. Status Attainment in the Netherlands during Modernization”. Hij ontving daarvoor de prijs voor beste PhD Thesis van het European Consortium voor Sociological Research in 2016.