In 1984 kreeg zij een aanstelling bij de Wageningen Universiteit waar ze vanaf 1997 als hoogleraar Evolutionaire Ecologie werkt.

Sinds 1999 bekleedt zij de functie van directeur van het Nederlands Instituut voor Ecologie (NIOO-KNAW). Het NIOO verricht onderzoek op het gebied van mariene, zoetwater en terrestrische ecologie. Haar eigen onderzoek aan multitrofe interacties vindt plaats bij het NIOO-Centrum voor Terrestrische Ecologie in Heteren en bij de Wageningen Universiteit. In 2004 werd zij benoemd tot lid van de KNAW en in 2005 ontving zij samen met twee Wageningse collegae als eerste Nederlanders de Engelse Rank Prize for Nutrition. Ze beweegt zich actief in het onderzoeksveld en heeft meer dan 170 publicaties in internationale tijdschriften en boekhoofdstukken op haar naam staan.

Haar bestuurlijke nevenfuncties zijn divers. Vet is voorzitter van het Netherlands Ecological Research Network en lid van verschillende Raden van Toezicht en besturen, onder meer van de Task Force Life Sciences, het Nederlands Centrum voor Wetenschap en Techniek, waaronder NEMO en Museum Naturalis, de Raad voor Aard- en Levenswetenschappen (KNAW) en de Wetenschappelijke Adviesraad van de European Science Foundation.

Daarnaast ziet zij het als haar missie het belang van de wetenschap en de ecologie in het bijzonder, uit te dragen naar het brede publiek door columns, lezingen en de media. Ze is een fervent voorstander van een duurzame circulaire economie die gebaseerd is op ecologische principes (zoals de cradle to cradle-filosofie) en geeft hierover landelijk veel lezingen (zoals op TEDxAmsterdam). Momenteel past zij dit integrale duurzaamheidsprincipe in de praktijk toe bij de bouw van het nieuwe NIOO laboratorium-kantorencomplex.