In 1977 maakte Treffers een overstap naar het Ministerie van Buitenlandse zaken waar hij zich in eerste instantie als beleidsadviseur met de Ontwikkelingsbegroting bezig hield. In de jaren die volgde bekleede Treffers verschillende functies op het Minsterie van Buitenlandse Zaken, waaronder die van ambassadeur in achtereenvolgend Kenia, Suriname en Indonesie. Op dit moment is Treffers nog Directeur-Generaal Internationale Samenwerking bij het Ministerie van Buitenlandse Zaken. Rond 1 november 2008 zal hij Herman Wijffels opvolgen als Nederlandse bewindvoeder bij de Wereldbank in Washington.