Zijn onderzoek is voornamelijk gericht op internationale macro-economie, overheidsfinanciën met een speciale focus op de economie van natuurlijke bronnen en klimaatverandering, politieke economie en ontwikkelingseconomie. Momenteel houdt hij zich bezig met de economie van natuurlijke hulpbronnen en globalisering.

Van der Ploeg was daarnaast staatssecretaris Cultuur en Media in het tweede kabinet Kok van 1998 tot 2002. Voor die tijd is hij verbonden geweest aan Cambridge University (waar Van der Ploeg ook promoveerde), de London School of Economics, Princeton Universiteit, de Universiteit van Amsterdam en Tilburg University.