Daarnaast is hij een van de vaste presentatoren van BNR Nieuwsradio. Hij presenteert wekelijks de Grote BNR Klantenshow en is te horen als presentator van BNR Duurzaam en BNR Gezond.

Tot 2006 was Maarten Bouwhuis werkzaam bij het Nederlands Debat Instituut als debatleider en trainer. Bouwhuis heeft zich gespecialiseerd in het debat in de lokale politiek en begeleidde al meer dan vijftig gemeenteraden in het raadsdebat en vergadertechnieken. In 2010 verscheen Mag ik u quoten?, een boekje met praktische tips aan raadsleden en wethouders voor hun mediaoptredens.