In de jaren zestig doceerde hij taalkunde aan de Universiteit Utrecht (UU), waar hij ook promoveerde. Botha schreef verscheidene boeken over de conceptuele fundaties van taalkunde, morfologie en taalevolutie, waaronder Unravelling the Evolution of Language (Elsevier, 2003). Hij is co-auteur van drie uitgaven over taalevolutie: The Prehistory of Language (Oxford University Press), The Cradle of Language (Oxford University Press) en Language Evolution: The View from Restricted Linguistic Systems (LOT), die allen in 2009 uitgekomen zijn. Sinds 2007 is hij honorair hoogleraar Taal en Evolutie aan de UU.