Als historicus werkt Van Eijnatten op drie overlappende gebieden: de geschiedenis van ideeën, die van religie en die van media en communicatie. Hij schreef boeken en artikelen over zeer uiteenlopende onderwerpen, waaronder tolerantie, communicatie, de preek en Willem Bilderdijk. Samen met Fred van Lieburg publiceerde hij Nederlandse religiegeschiedenis (2005), een overzicht van tweeduizend jaar geschiedenis van godsdienst in Nederland.

Korte tijd was Van Eijnatten hoogleraar Cultuurgeschiedenis aan de VU, sinds 2009 bekleedt hij de gelijknamige leerstoel aan de Universiteit Utrecht.

Hij studeerde geschiedenis aan de Vrije Universiteit Amsterdam en promoveerde er in 1993.