Noordegraaf is tevens plv. hoofd departement. Hij richt zich op organisatie- en managementvraagstukken in publieke domeinen. Daarbij ligt bijzonder de nadruk op managers en professionals, zoals leidinggevenden bij rechtbanken en rechters, of zorgmanagers en artsen, of universiteiten en hoogleraren. Hierin schuwt hij het niet om kritiek te geven op maatschappelijke krachten en tevens op professionals, in plaats van vooral op de managers, zoals gebruikelijk.

Noordegraaf doet onderzoek naar professioneel organiseren, gerelateerd aan publieke en politieke zorgen over 'verbureaucratiseerde' publieke dienstverlening en zogenaamde 'beklemde' professionals. In plaats van mee te gaan met (nostalgische) verlangens naar overzicht, helder beleid, en ruimte voor uitvoering, probeert hij professionele dienstverlening – zoals rechtspraak en zorg - te verbinden met eigentijdse, vaak verwarrende contexten. Die vragen om krachtige organisatievormen en professioneel management, maar ook om nieuwe vormen van rechterlijke en medische professionaliteit. Professionaliteit wordt meer verbindend in plaats van isolerend.