Zijn huidige werk richt zich op het begrijpen van omslagen in systemen variërend van ecosystemen tot hersenen en sociaaleconomische systemen. In 2020 publiceerde het vakblad PNAS een studie onder leiding van Scheffer over de toekomst van een leefbaar klimaat voor de mens. Scheffer won in 2009 de Spinozaprijs voor zijn onderzoek naar stabiliteit en de verandering in complexe systemen.

Hij schreef de boeken “Critical Transitions in Nature and Society” en “Ecology of Shallow Lakes” alsmede het boek “Vijver, Sloot en Plas” gericht op een breed publiek. Daarnaast is hij lid van de KNAW en jureerde hij voor de Dr. A.H. Heinekenprijs voor de Milieuwetenschappen en de KNAW Onderwijsprijs. Scheffer studeerde zelf ecologie aan de Universiteit Utrecht en promoveerde aan dezelfde universiteit.