Zijn onderzoek richt zich met name op mondiale vraagstukken voor de wereldeconomie, zoals armoede, duurzaamheid en genderongelijkheid. Via zijn onderzoek probeert van Zanden om langetermijnontwikkelingen in de geschiedenis van de wereldeconomie bloot te leggen, zodat we de historische oorzaken van hedendaagse maatschappelijke kwesties beter kunnen begrijpen. Waarom zijn sommige landen rijk en andere arm? Wanneer ontstond deze wereldwijde ongelijkheid, en hoe kunnen we dit terugdringen?

Jan Luiten van Zanden’s huidige onderzoeksinteresse ligt met name bij duurzaamheids- en milieuthema's, zoals de evolutie van de biodiversiteit op lange termijn.

Van Zanden trad aan in 1992 als parttime hoogleraar Economische en Sociale Geschiedenis na de Middeleeuwen aan de Universiteit Utrecht. Hij deelde deze leerstoel met historicus prof. dr. Maarten Prak. Op 15 juni 2022 hield van Zanden samen met Prak zijn afscheidsrede in de Domkerk, Utrecht.

In 2014 ontving van Zanden de Pierson Penning, een onderscheiding voor een Nederlandse econoom voor de hoge kwaliteit van diens publicaties. Daarnaast is van Zanden sinds 2015 lid van de raad van toezicht van het CLARIAH-project (Common Lab Research Infrastructure for the Arts and Humanities). Via CLARIAH hebben onderzoekers toegang tot grote verzamelingen digitale data op het gebied van geestes- en sociale wetenschappen.