Hij is hoofd van de onderzoeksgroep Physics of Nanostructures en coördinator van het Center for NanoMaterials in Eindhoven. Dit centrum is door de TU/e opgericht om het onderzoek van materialen op het (sub)nanometer niveau te stimuleren en bestaand onderzoek te integreren door multidisciplinair onderzoek te faciliteren. Daarnaast is Koopmans leider van het Nanospintronics-programma bij NanoNed, een initiatief van acht kennisinstituten en Philips dat het toekomstpotentieel wil vergroten van nanotechnologie als bron van economische groei in een duurzame kenniseconomie in Nederland. Ook coördineert hij het Center of Competence on Applications of Nanotechnology en het Center of Excellence on Bio-NanoApplications.

In 2005 ontving Koopmans het Vici-laureaat bestaand uit ruim een miljoen euro, toegekend door het NWO aan excellente, ervaren onderzoekers die een vernieuwende onderzoekslijn hebben ontwikkeld. Dit laureaat ontving hij voor onderzoek naar de tollende beweging van elektronen en de toepassing daarvan in plastic elektronica. Voordat Koopmans als onderzoeker een aanstelling kreeg aan de TU/e, behaalde hij zijn doctoraat aan de Rijksuniversiteit Groningen en kreeg als postdoc een Alexander von Humboldt beurs aan het Max Planck Instituut in Stuttgart (Duitsland).