Vooraf aan zijn huidige aanstelling, werkte Sluijs bij de groep Biomariene Wetenschappen, binnen het Institute of Environmental Biology van de Bètafaculteit van de Universiteit Utrecht.

Sluijs is lid van de Jonge Akademie van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen. Hij is een veelbelovend wetenschapper die onder andere de prijzen Outstanding Young Scientist Award of the European Geosciences Union for 2007, de Vening Meineszprijs 2010, en met een groep collega's de Academische Jaarprijs 2007 won. Appy Sluijs is recent ook nog onderscheiden met de Heineken Young Scientists Award voor de Milieuwetenschappen.