Van 2005 tot 2010 was hij naast zijn hoogleraarschap directeur Algemene Justitiële Strategie bij het ministerie van Justitie. In deze functie ondersteunde hij het ministerie bij het ontwikkelen van een strategie voor de toekomst van de rechtsstaat en het bepalen van haar positie in een steeds veranderende maatschappij. Zouridis was redactiesecretaris van Bestuurskunde en maakt tegenwoordig deel uit van de redactie van dit tijdschrift.