Zijn interessegebieden zijn filosofie van geneeskunde en psychiatrie, normatieve ethiek en meta-ethiek. Vanuit filosofisch perspectief onderzoekt Werkhoven het onderscheid tussen ziekte en gezondheid en de effecten van sociale conventies op die grens. Zo bestudeert hij onder meer de impact van diagnostische labels, zoals ADHD, op de ontwikkeling van kinderen in de geestelijke gezondheidszorg.

In 2015 behaalde Van Werkhoven zijn PhD aan de Universiteit van Warwick (UK) met een dissertatie getiteld A Dispositional Theory of Health.