Fouchier onderzoekt bijvoorbeeld hoe er nieuwe varianten van het vogelgriepvirus kunnen ontstaan die door niezen of hoesten worden overgedragen.

Daarnaast is hij adviseur bij verschillende ministeries omtrent genetische modificaties, dierziektes en griepvaccinaties en alumni lid van de Jonge Academie van de KNAW.

Fouchier studeerde microbiologie aan de Rijks Hogere Agrarische School in Wageningen en promoveerde aan de Universiteit van Amsterdam op onderzoek aan HIV/aids.