Koekkoek is sinds 2018 als docent en onderzoeker verbonden aan de afdeling politieke geschiedenis bij de Universiteit Utrecht, met als onderzoeksterrein het snijvlak van ideeën, politiek en cultuur in de vroegmoderne tijd. Zijn essays zijn meermaals uitgebracht bij de Groene Amsterdammer, waaronder zijn opiniestuk over de politiek van herstelbetalingen voor koloniale misdaden uit het verleden.

In 2020 verscheen Koekkoeks boek Revolutionaire tijden: Politiek en idealen rond 1800 over maatschappelijke revoluties en brandhaarden uit deze periode. In dit boek toont hij aan dat maatschappelijke revoluties altijd bestaan uit een mix van idealen en pragmatische beslissingen, en van hoop en desillusies.

In 2016 promoveerde Koekkoek op zijn onderzoek naar late achttiende-eeuwse debatten over burgerschap in het licht van de Franse Terreur en de Haïtiaanse Revolutie. Van 2016 tot 2018 was hij bovendien werkzaam als universitair docent Moderne Europese Geschiedenis aan de Universiteit van Amsterdam. Koekkoek werkt daarnaast aan zijn onderzoeksproject over historisch rechtsherstel in de periode 1650-1830. Hiervoor ontving hij in 2018 een VENI-beurs van de NWO.