Sinds 1978 is Muijen werkzaam bij de politie. Hij begon als wachtmeester en daarna officier bij de Korps Rijkscommisie en was van 1991 tot 1996 commissaris van politie, partket procureur-generaal ressort in 's Hertogenbosch. Tot 2004 was hij officier van justitie en teamleider van het arrondissement in 's Hertogenbosch. Hij is lid van een aantal redactiecommissies, vooral op het gebied van politie en privacy. Daarnaast werkte hij mee als auteur aan een uitgave van Reed Elsevier over Politie en Privacy.