Van Rooijen focust zich in zijn onderzoek voornamelijk op planten. Hij combineert grote datasets met veldexperimenten om meer te weten te komen over de biodiversiteit en het functioneren van ecosystemen. Hij onderzoekt hoe wij als mens kunnen samenleven met de natuur, waarbij we het landschap en de biodiversiteit beschermen.

Daarnaast is Van Rooijen bestuurslid bij Stichting Het Levend Archief, die als doel heeft om de genetische diversiteit van wilde planten veilig te stellen door zaden te verzamelen van inheemse plantensoorten en deze op te slaan in de Nationale Zadencollectie.