Hekkert doet onderzoek naar de dynamiek van opkomende gebieden in de technologie. Hij richt zich op technologische gebieden die bijdragen aan een duurzamere samenleving, zoals groene-energietechnologieën. Hij streeft ernaar bij te dragen aan het perspectief van innovatiesystemen door onze kennis te vergroten over de manier waarop opkomende innovatiesystemen zich ontwikkelen en welk type micromechanismen (kracht, lobby, onderzoek, strategie, verwachtingen, grondstoffen) de dynamiek van innovatiesystemen bepalen.

Daarnaast is Marko Hekkert hoofd van Innovatiewetenschap en onderzoeksdirecteur van het Copernicusinstituut. Dit instituut heeft als doel processen en mogelijkheden te ontwikkelen voor innovatieve veranderingen richting duurzaamheid.