Naast zijn hoogleraarschap bekleedt Prak tal van nevenfuncties. Zo is hij in 2012 benoemd tot honorair conservator geschiedenis bij het Rijksmuseum (onbezoldigd) en is hij voorzitter van de Werkgroep Zeventiende Eeuw.

Prak doet voornamelijk onderzoek naar de lotgevallen van de bewoners van Europese en Nederlandse steden in de Middeleeuwen en de Vroegmoderne tijd. Hij is geïnteresseerd in burgerschap, instituties, culturele industrie, gilden en menselijk kapitaal. Prak was als wetenschappelijk adviseur nauw betrokken bij de succesvolle documentaireserie De Gouden Eeuw, die vanaf december 2012 werd uitgezonden door de VPRO/NTR. Eveneens in 2012 verscheen zijn boek Gouden Eeuw. Het Raadsel van de Republiek.