Als lid van GroenLinks is zij betrokken geweest bij de samenstelling van verkiezingsprogramma's op lokaal, landelijk en Europees niveau. Zij heeft in verschillende functies gewerkt op het ministerie van Verkeer en Waterstaat. De afgelopen jaren was zij adjunct-directeur van de Natuur en Milieufederatie Utrecht. Lot van Hooijdonk heeft meerdere publicaties op haar naam over duurzame bereikbaarheid.