Brinkhorst werd op 29-jarige leeftijd benoemd als hoogleraar Europees recht aan de Rijksuniversiteit Groningen. Vervolgens werd hij staatssecretaris van Europese Zaken in het kabinet- Den Uyl en daarna Tweede-Kamerlid. In 1981 volgde hij Terlouw op als fractievoorzitter, maar vertrok in 1982 uit de Haagse politiek na de verkiezingsnederlaag. Daarna volgde een Europese carrière. Hij was achtereenvolgens ambassadeur voor de Europese Commissie in Japan, directeur-generaal voor milieu en nucleaire veiligheid in Brussel en lid van het Europees Parlement. Hij keerde in 1999 weer terug als minister van Landbouw in het kabinet-Kok II. Tot 3 juli 2006 was hij minister van Economische Zaken en vice-premier in het kabinet-Balkenende II.