Frenkens expertises zijn economische geografie, economie van innovatie, evolutionaire economie en deeleconomie. Recent publiceerde hij onder andere de volgende artikelen over de deeleconomie: Putting the sharing economy into perspective en Politcal ecnomies and environmental futures for the sharing economy. Ook sprak in 2016 een interview met Trouw (Wie meer heeft, kan ook meer delen) over sociale ongelijkheid als gevolg van de deeleconomie.

Eerder was Frenken hoogleraar Economics of Innovation and Technological Change aan de Technische Universiteit Eindhoven. Frenken studeerde Economie aan de Universiteit van Amsterdam. In 2001 promoveerde hij cum laude zowel in de toegepaste economie aan de Universiteit van Grenoble als in de sociale wetenschappen aan de Universiteit van Amsterdam. Hij won persoonlijke beurzen in de Marie Curie en NWO Vidi programma's.

Koen Frenken is auteur van het boek Innovation, Evolution and Complexity Theory(2006). Samen met het Rathenau Instituut schreef hij in 2017 een rapport over de deeleconomie, getiteld 'Eerlijk delen'.