In zijn onderzoek richt hij zich op moderne en postmoderne literatuur in Nederland en Vlaanderen en op literaire kritiek. Joosten is betrokken bij de onderzoeksgroep SCARAB (Studying Criticism Across Borders) van de RU en het NWO-onderzoeksprogramma 'The Best Intentions' dat zich bezighoudt met de analyse en geschiedschrijving van de naoorlogse Nederlandse literatuurkritiek. Jos Joosten promoveerde op Feit en tussenkomst: geschiedenis en opvattingen van tijd en mens (1945-1955), dat inmiddels als het standaardwerk over de Vlaamse Vijftigers wordt gezien.

Hij publiceerde verscheidene artikelen over eigentijdse Nederlandse en Vlaamse literatuur en was poëzierecensent voor de Standaard der letteren.

Jos Joosten is lid van de kernredactie van het literair tijdschrift DW&B en is voorzitter van de Onderzoeksschool Literatuurwetenschap. Daarnaast is hij voorzitter van Numaga, vereniging ter beoefening van de Geschiedenis van Nijmegen en Omgeving.