Hij studeerde politicologie, geschiedenis en Arabische en religieuze antropologie in Amsterdam, Kansas en Caïro. Zijn studietijd in Caïro resulteerde in het boek Een goede man slaat soms zijn vrouw. Vervolgens was hij een aantal jaren actief als correspondent voor diverse media in Caïro, Beiroet en Oost-Jeruzalem. Nog voordat het debat over de islam en het terrorisme losbarstte, publiceerde hij in maart 2001 Een tipje van de sluier. In 2001 ontving Luyendijk het Gouden Pennetje voor zijn berichtgeving vanuit het Midden-Oosten na de aanslagen van 11 september. Voor zijn boek Het zijn net mensen, over de onmogelijkheid van goede, objectieve journalistieke berichtgeving, ontving hij de Dick Scherpenzeelprijs 2006 en de NS Publieksprijs 2007.

In 2010 liep Luyendijk een maand mee op het Binnenhof in Den Haag. Over zijn ervaringen scheef hij het boek Je hebt het niet van mij, maar... Kort na de verschijning hiervan vroeg The Guardian Luyendijk om voor hen te schrijven over de financiële wereld in het hart van Londen. Vanuit antropologisch perspectief deed hij hiernaar onderzoek en hield een blog bij. In het najaar van 2014 verscheen Dit kan niet waar zijnwaarin hij verslag deed van zijn bevindingen in de bankenwereld.