Het wetenschappelijk onderzoek van Den Ruijter richt zich op de verschillen in hart- en vaatziekten tussen mannen en vrouwen. Ze is onder andere coördinator van het Queen of Hearts onderzoeksproject naar betere diagnose van hart- en vaatziekten bij vrouwen.

Tevens is Den Ruijter bestuurslid van de Jonge Akademie, een onafhankelijk groep Nederlandse onderzoekers die als doel heeft om kritische perspectieven op de academie, beleid en de maatschappij uit te wisselen.

Den Ruijter studeerde een tweede master klinische epidemiologie aan de Universiteit Utrecht. Daarvoor rondde zij al een PhD af aan het Amsterdam Medisch Centrum, na een eerste master nutrition and health aan de Wageningen UR.