Sindsdien is hij freelancer. Hij verzorgt een wekelijkse column over dubieuze wetenschap, `Twijfel', in de Volkskranten schrijft bijdragen voor onder meer Akademienieuws, Plus Magazine en AMC Magazine.

In 2007 ontving Van Maanen de Van Walreeprijs voor medische wetenschapsjournalistiek van de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen en de Eurekaprijs van NWO voor zijn gehele wetenschapsjournalistieke oeuvre. Hij geeft aan diverse universiteiten gastcolleges wetenschapsjournalistiek en statistiek.

Van zijn hand verscheen een tiental populair-wetenschappelijke boeken, waaronder de Encyclopedie van misvattingen (2011), De eerste stap in de wetenschap (2011) en Goochelen met getallen (2009).