Goedkoop publiceerde in 1996 de biografie Geluk. Het leven van Herman Heijermans. In 2004 verscheen een essaybundel over de Nederlandse literatuur van de laatste jaren, Een verhaal dat het leven moet veranderen, voortbouwend op de literatuurkritieken die hij tussen 1995 en 2003 schreef voor NRC Handelsblad. Hij werkt op het moment aan biografie van Renate Rubinstein, van wie hij in 2006 al een dagboek uitgaf onder de titel Twijfel trainen.

Sinds het voorjaar van 2000 presenteert Goedkoop het historische televisieprogramma Andere tijden van de VPRO en NPS, dat inmiddels vijftien jaar bestaat en meer dan 500 afleveringen telt.