Op het moment onderzoekt hij de mediatisering van muziek. In dat kader is hij voorzitter van de Media & Music studiegroep (MaM) van de International Musicological Society. Eerder werkte hij als muziekcriticus voor NRC Handelsblad en de Volkskrant, en was hij werkzaam als orkestprogrammeur. Wennekes is (mede-)auteur van verscheidene boeken. Publicaties van zijn hand werden in meerdere talen vertaald, o.a. in het Chinees.

Wennekes behaalde zijn doctoraaldiploma Musicologie in 1991 en promoveerde in 1999 aan de Universiteit Utrecht.